Er wurde am 9.11.1815 in Hamburg geboren und stammte aus einer wohlhabenden jüdischen Familie. Sein Vater, Berend Isaak Rée, war Hofbankier des dänischen Königs. Seine Mutter war Johanna Nathanson.

Rée besuchte die Gelehrtenschule des Johanneums und des Akademischen Gymnasiums. Anschließend studierte er Philosophie an der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel und wurde 1837 mit einer Dissertation über die hebräische Sprache promoviert. 1838 erlangte Rée eine Anstellung als Lehrer an der israelitischen Freischule, der späteren Stiftungsschule von 1815 am Zeughausmarkt, an der er zehn Jahre später zum Direktor ernannt wurde. 1841 Heirat mit Henriette Löwenthal. Rée arbeitete höchst engagiert an der Reform des Hamburger Schulwesens. Seine Vision war eine konfessionell nicht gebundene Volksschule, die allen Kindern unabhängig von ihrer sozialen Herkunft offen stand. 1858 war er an der Gründung des „Comité zur Förderung der Gewissensfreiheit“ beteiligt. Unter seiner Leitung wurde die Freischule schließlich zu einer Simultanschule, die ab 1859 auch von nichtjüdischen Schülern besucht werden konnte.

Rée war von 1859 bis 1871 Mitglied der Hamburger Bürgerschaft. Als 1870 die allgemeine Schulpflicht eingeführt wurde, war dies unter anderem Rées großem schulpolitischem Engagement zu verdanken war. 1881 erhielt er ein Mandat für den Deutschen Reichstag, wo er bis 1884 wirkte und den dritten Hamburger Wahlkreis vertrat. Neben Gabriel Riesser gehörte er zu den wichtigsten Verfechtern der Jüdischen Emanzipation. 

Rée verstarb am 13.1.1891 in Hamburg.