Zinnendorf war überzeugter Freimaurer und Gründer der "Großen Landesloge der Freimaurer von Deutschland". Am 13. März 1757 wurde er in seiner Vaterstadt Halle von der Loge "Philadelphia zu den drei goldenen Armen" zum Freimaurer aufgenommen. 1763 nahm ihn in Berlin die Loge "Zu den drei Weltkugeln" auf, deren Meister vom Stuhl er 1765 wurde. 1769 gründete er in Berlin die Loge "Zu den drei goldenen Schlüsseln", die er bis 1776 leitete. In dieser Loge wurde nach dem Schwedischen System gearbeitet. 1770 gründete Zinnendorf in Berlin die "Große Landesloge der Freimaurer von Preußen". Hier übernahm er das Amt des Landesgroßmeisters. 1773 wurde diese Loge als neue Deutsche Großloge von der englischen Großloge anerkannt und damit regularisiert. Spuren in Hamburg: - in Eppendorf ist seit 1991 die Zinnendorfstiftung der "Großen Landesloge der Freimaurer von Deutschland". Hier haben 21 schwerstpflegebedürftige Menschen im Alter von 18 bis 50 Jahren ihr betreutes Zuhause.
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